1、综合处（应急管理办公室）

　　负责本局行政、机要、保密、档案、信访、电子政务、财务、人事、法律事务等工作以及党组织建设、纪检、工会等党群工作；承担辖区内民航应急工作和重大事项的组织协调；承担辖区内民航规划、投资、价格监管以及行业统计的相关工作；承担辖区内民航网络和信息安全监管工作。

　　2、航空安全办公室

　　按授权，参与辖区内民航飞行事故、航空地面事故的调查，组织事故征候和不安全事件的调查工作；负责辖区内民用航空安全信息管理工作。

　　3、运输处（国防动员办公室）

　　按授权，负责对辖区内民用航空运输和通用航空市场秩序、民用航空客货运输安全以及危险品航空运输实施监督管理，协调完成重大航空运输、通用航空任务；负责辖区内民用航空国防动员的有关工作。

　　4、飞行标准处

　　按授权，承办辖区内民用航空运营人运行合格审定、飞行训练机构合格审定的有关事宜并实施监督管理；负责辖区内民用航空飞行人员、乘务人员的资格管理；监督管理辖区内的民用航空卫生工作。

　　5、航务处

　　按授权，监督检查辖区内民用航空飞行程序及各类应急程序的执行情况；负责辖区内飞行签派人员的资格管理。

　　6、适航维修处

　　按授权，承办辖区内民用航空器维修单位合格审定的有关事宜并实施监督管理；负责辖区内民用航空器持续适航及维修管理；负责辖区内航空器维修人员资格管理。

　　7、机场处

　　按授权，负责对辖区内民用机场（含军民合用机场民用部分）的安全运行、总体规划、净空保护以及民航专业工程建设项目和航油企业安全运行等实施监督管理。

　　8、空中交通管理处

　　按授权，监督检查辖区内民航空管系统运行和安全状况；组织协调辖区内专机、重要飞行保障和民用航空器搜寻救援工作；监督、检查辖区内航班时刻和空域容量等资源的使用状况；承办辖区内民航无线电管理等事宜。

　　9、空防处

　　按授权，负责对辖区内民航企事业单位执行民用航空安全保卫法律、法规和规章情况实施监督检查；监督检查辖区内民用机场公安、安检、消防工作。

　　此外，在民航山东安全监督管理局设立DA40飞机生产监督办公室，其主要职责是：按授权和有关适航要求，负责对DA40飞机生产实施监督检查。